Salon historiallisen museon kokoelmat koostuvat esine-, valokuva-, arkisto- ja kirjakokoelmista. Kokoelmat kuvastavat paikallisia elinkeinoja ja elämänmenoa kuten maataloutta, käsitöitä, kartanokulttuuria, kaupankäyntiä ja elektroniikkateollisuutta.
Salon historiallisen museon kokoelmissa on noin 40 000 esinettä. Mittavin kokoelma löytyy Perniön museosta, jossa on luetteloituna 12 000 esinettä.Museoiden kokoelmat ovat syntyneet pääosin lahjoituksista. Ostoja tehdään hyvin harvoin.Jokaisen museoille tarjotun esineen kohdalla punnitaan kyseisen esineen museoarvo eli arvioidaan, onko esine sen kaltainen, että sillä on riittävästi merkitystä museolle. Harvinaisuus tai tyypillisyys, uhanalaisuus, kiinnostavuus ja aitous nostavat esineen museoarvoa.
Erityisen kiinnostavia ovat esineet, joihin liittyy jokin tarina ja joista tiedetään, kuka niitä on käyttänyt, missä, miten ja milloin. Tätä kutsutaan esineen kontekstitiedoksi.
Osa esineistä on esillä museoiden näyttelyssä ja osa on varastoituna. Näyttelyitä kehitetään jatkuvasti ja tällöin myös näyttelyssä olevat esineet saattavat vaihtua.
Salon historiallisella museolla on esineiden lisäksi myös yli 16 000 valokuvan kokoelma. Joukossa on muun muassa henkilö- ja maisemakuvia sekä yksityishenkilöiden lahjoittamia kotialbumeja lähinnä 1900-luvun alkupuolelta. Lisäksi kokoelmassa on tuotanto-, tehdasrakennus- ja laitekuvia. Mittavin 6800 valokuvan kokoelma löytyy Halikon museosta.
Arkistokokoelmilla tarkoitetaan esimerkiksi vanhoja asiakirjoja, kirjeitä, kuvia, karttoja ja lehtileikkeitä. Salon historiallisella museolla on 424 hyllymetriä arkistokokoelmia. Pääosa näistä kuuluu Salon elektroniikkamuseon kokoelmiin.Elektroniikkakokoelmien arkistomateriaalit ovat noin 400 hyllymetriä ja ne koostuvat muun muassa huolto-ohjeista, kytkentäkaavioista, tuote-esitteistä, mainoksista, laite- ja tuotantovalokuvista, julisteista sekä alan kirjallisuudesta ja lehdistä.
SAMUlla on hallussaan yli 13 000 kirjan kokoelmat. Kokoelmat koostuvat vanhoista museokirjoista, jotka on luetteloitu omaan kirjallisuusluetteloon. Vanhin SAMUn kirjoista on Meritalon museon kokoelmaan kuuluva Biblia, eli Raamattu vuodelta 1642. Se on nähtävillä vitriinissä Salon kaupunginkirjaston Laurinsalissa. Laajin yli 4000 kirjan kokoelma on Perniön museossa.
Salon historiallisella museolla on myös tuotantokokoelma, joka sisältää 166 esinettä. Tuotantokokoelmalla tarkoitetaan sellaista salolaista teollisuustuotantoa, joka ei lukeudu elektroniikkaan. Tällä hetkellä tuotantokokoelmassa on lähinnä Loglift -esineistöä. Lisäksi SAMUlla on yrittäjä Leena Vihervaaran lahjoittama noin 1700 esineen Marimekko-kokoelma.
Salon historiallisen museon kokoelmapolitiikka on määritelty Varsinais-Suomen ammatillisten museoiden yhteisessä kokoelmapolitiikassa, joka on laadittu vuonna 2014.
Suurin osa esineistä ja valokuvista on paikallismuseoiden kokoelmissa
Salon historiallisen museon kokoelmat ovat hyvin laajat niin määrällisesti kuin alueellisesti. Niihin kuuluu tällä hetkellä kaikkiaan yli 43 000 esinettä, 16 700 valokuvaa, 8 700 kirjaa ja 420 hyllymetriä arkistomateriaalia. Kokoelmat ovat kertyneet pääosin eri puolilta nykyisen Salon aluetta.
Ylivoimaisesti suurin osa Salon historiallisen museon esineistä ja valokuvista on paikallismuseoiden kokoelmissa. Ne kuvastavat elämää ja työntekoa menneinä vuosisatoina pitkälti maatalousvaltaisessa yhteiskunnassa. Oman kokonaisuutensa muodostaa Salon elektroniikkatuotannon historiasta kertovat aineistot. Menneisyyden tallentamisen ohella museokokoelmat karttuvat ajoittain myös nykydokumentaatiota tehtäessä eli tämän päivän ilmiöitä taltioiden.
Kaikki museoiden kokoelmiin kuuluvat esineet eivät ole esillä näyttelyissä samaan aikaan. Niitä säilytetään erilaisissa näyttely- ja kokoelmatiloissa nykyään kaikkiaan jopa 29 rakennuksessa ympäri Saloa. Lisäksi joitakin esineitä on lainattu esille toisaalle, kuten vanhin suomenkielinen Raamattu Salon kirjastoon, sotien aikaista esineistöä Itsenäisyyden museoon ja hevosvetoisia rekiä ja kärryjä Wiurilan kartanon koti- ja hevosvaunumuseoon.